苹果根腐病的病菌系土壤习居菌,包括尖孢镰刀菌、茄属镰刀菌和弯角镰刀菌。这些病菌在土壤中大量存在并长期进行腐生生活,也可寄生于果树根部,表现为弱寄生性。当树势强健时几乎不发病,只有在树势衰弱时才可能发病。