玉米茎腐病是由真菌引起的，病原菌为半知菌亚门真菌禾谷镰孢、串珠镰刀菌。该病是土传病害，由多种寄生和半寄生性病原菌引起。病原菌在种子上或土壤、肥料中的病残体上越冬，带病种子和病残体是主要初侵染源，从根部伤口侵入。矮秆品种、早熟品种易发病。玉米抽雄期至成熟期高温、高湿是茎腐病发生流行的重要条件，尤其是雨后骤晴，土壤湿度大，气温剧升，往往导致该病暴发成灾。适时晚播，保持田间通风透光和良好的土壤透气性可减轻或延缓发病。
玉米茎基腐病是由几种镰刀菌或几种腐霉菌引起的为害玉米根和茎基部的一类重要土传真菌病害，是以土壤带菌、侵染主根部为主的系统性侵染病害。病菌在土壤中的病残组织上越冬，翌年从植株气孔或伤口侵入。玉米60厘米高时组织柔嫩易发病，害虫为害造成的伤口利于病菌侵入。此外害虫携带病菌同时起到传播和接种的作用，如玉米螟、棉铃虫等虫口数量大则发病尤其严重。传播途径是靠气流和雨水传播。
