成株期发病,根部染病初呈淡褐色湿腐状斑块,后逐渐变为黑褐色,导致根及跟颈部韧皮部腐烂,木质部变淡褐色,引起整株萎焉死亡,常和辣椒根腐病相混。茎和枝染病,病斑初为水浸状,环茎枝表皮扩展,后导致茎枝“黑杆”,病部以上枝叶迅速凋萎。叶片染病,出现污褐色边缘不明显的病斑,病叶很快湿腐脱落。果实染病,特别是菜椒,多始于蒂部,初生暗绿色水浸状斑,病果迅速变褐软腐,湿度大时病果表面长出白色霉层,干燥后形成暗褐色僵果,残留在枝上。主要为害叶片、果实和茎,特别是茎基部最易发生。幼苗期发病,多从茎基部开始染病,病部出现水渍状软腐,病斑暗绿色,病部以上倒伏。辣椒疫病在苗期和成株期均可发生,茎、叶、果都可染病。从幼果期就可能开始染病,开始变为紫色,之后变为紫褐色,果面软腐,最后干枯,通常见不到霉层。片染病,初呈水浸状暗绿色近圆形小斑,后迅速扩大为近圆形灰褐色或黑褐色大斑,易腐烂,病部与健康部位分界不明晰。各部位发病症状:苗期发病,在茎基部呈水渍状病斑;成株后,叶片染病,叶片初始产生暗绿色水渍状斑,扩大后病斑圆形或不规则形,边缘黄绿色,中央深褐色,叶片易脱落。果枝发病,初始产生暗绿色水渍状斑,中央深褐色,潮湿时病部出现灰白色霉层,病枝叶片和幼果脱落。染病幼苗茎基部呈水浸状软腐,致上部倒伏,多呈暗绿色,最后猝倒或立枯状死亡;定植后叶部染病,产生暗绿色病斑,叶片软腐脱落;茎染病亦产生暗绿色病斑,引起软腐或茎枝倒折,湿度大时病部可见白霉;花蕾被害迅速变褐脱落;果实发病,多从蒂部或果缝处开始,初为暗绿色水渍状不规则形病斑,很快扩展至整个果实,呈灰绿色,果肉软腐,病果失水干缩挂在枝上呈暗褐色僵果。辣椒疫病对产量、品质影响极大,严重时减产50%以上。