向日葵菌核可以在土壤、病残体及种子间越冬，种子内的菌丝及夹杂的菌核是主要初侵染源之一。种子带菌率通常在3-13%之间，带菌种子播种后可能侵染幼苗根部或根茎部，形成根茎腐症状，严重时可导致幼苗死亡。土壤中的菌核在适宜湿度下可直接萌发形成菌丝，通过直接或伤口侵入向日葵根茎部，引发根茎腐症状。当土壤温度为20℃、相对湿度为80%时，菌核最易萌发形成子囊盘。子囊孢子弹射后随风传播，侵染向日葵茎或花盘，导致茎腐及盘腐症状。发病部位形成的菌核成熟后落入土壤，成为来年的初侵染源。花期与子囊孢子弹射期的吻合程度影响盘腐症状的发病程度。环境适宜时，落在花盘上的子囊孢子萌发形成菌丝体，蔓延至整个花盘需10-20天。适当晚播，使花期与雨季错开，可降低盘腐发生程度。病菌以菌核在土壤、病残体及种子间越冬，翌年气温回升至5℃以上且土壤潮湿时，菌核萌发产生子囊盘，子囊孢子成熟后弹射，借气流传播，遇向日葵萌发侵入寄主。
