氨化作用主要发生在好氧阶段，水温对其影响显著，因为生物酶的活性直接受温度影响。根据氨化反应的动力学，PH值也对氨化作用有一定影响。当生物絮体表面溶解氧浓度较高时，优势微生物为氨化菌及硝化菌；而絮体内部由于氧传递阻力增大和外部好氧菌的消耗，形成缺氧状态，反硝化菌占优，说明溶解氧对氨化作用也有影响。芽孢杆菌在许多水生植物塘中为优势菌种，对有机氮的氨化作用强烈。
氨的用量从秸秆干物质重量的1%提高到2.5%时，秸秆的体外消化率显著提高；从2.5%提高到4%时，效果进一步增加。秸秆含水率从12%提高到50%，水作为氨的载体与氨结合形成氢氧化氨，影响氨化效果。环境温度低于50℃时，处理时间应大于8周；温度在5—150℃时，处理时间为4—8周；15—300℃时为1—4周；大于300℃时，处理时间小于1周，甚至1天。
秸秆氨化后，其营养价值提高的幅度与原有营养价提升幅度相关。影响氨化效果的因素包括：(1)秸秆的含水率；(2)秸秆原料的品质；(3)压力，高压可促进氨对秸秆的作用；(4)环境温度和氨化时间，温度越高，所需时间越短；(5)氨的用量。