菠菜在零下十五度左右会停止生长，其耐寒性很强，当温度下降到零下二十度时，地上部分会枯萎，但地下的根部能耐零下三十度的低温。在长江流域以南的地区，冬季气温较高，菠菜可以露地越冬；在冬季最低温度在零下十度的地区，也能露地安全越冬。华北、东北、西北地区冬季温度偏低，可通过设置风障和地面覆盖的方法实现露地越冬。菠菜的耐寒能力与生长情况、苗龄大小有关，小苗、弱苗的耐寒性较差，可能受到冻害。
菠菜主要病虫害包括霜霉病、病毒病、炭疽病、白粉病、灰霉病、锈病、蚜虫、菜青虫、小菜蛾、甜菜夜蛾、短额负蝗、蜗牛等。防治应以农业防治为主，结合物理防治和生物防治。当病虫害严重时，应根据田间实际情况，选用对口药剂，按照农药标签要求进行化学防治。农业防治措施包括实行2～3年轮作、合理密植、科学灌水、清洁田园、及时清理病残体。药剂防治时，注意科学用药，药剂要交替使用，一般每隔6～7天喷1次药剂，收获前15天禁止使用任何化学药剂。
