多雨地区以腐霉菌型茎基腐为主,干旱地区以镰刀菌型茎基腐为主。该病属于典型的土传病害,病菌在病残体组织内外、土壤中存活越冬,成为翌年主要侵染源。在田间可借风雨、灌溉水、机械和昆虫进行传播,发生多次再侵染。连作年限越长,土壤中积累病菌越多,发病重。而生茬地菌量少发病轻。近年该病上升与部分育种材料抗病性差,耕作栽培条件改变有很大关系。因此,选用抗病自交系,培育抗病杂交种是首要防治措施。引致茎腐病的病原物都是弱寄生菌,保能侵染生长势较弱的植株。加强栽培管理,合理施肥,合理密植,降低土壤湿度等措施可以使植株健壮,减少茎腐病。合理轮作,深翻土地,清除病残和不施用未腐熟的有机肥,可以减少田间菌源,达到一定的防治效果。