此病是由水分供应失调、缺钙、缺硼等原因导致的生理性病害。一般在第一果穗座果之后,植株处于生育旺盛阶段。遇干旱,特别是大棚栽培的,为预防灰霉病或菌核病的发生,采取降湿栽培措施,当叶片蒸腾需消耗大量水分,导致果实,特别是脐部的水分被叶片夺走时,造成果实内部水分失调,果实的生长发育受阻,形成脐腐。也因偏施氮肥,造成植株氮营养过剩,植株生长过旺,使番茄不能从土壤中吸收足够的钙和硼,致使脐部细胞生理紊乱,失去控制水分的能力而引起脐腐病的。有时沿江的砂壤土,因土壤含盐量较高,也易引发缺钙的生理障害,一般在土壤中硼的含量低于0.5ml/L,或果实中钙的含量若低于0.2%,均易引发脐腐病的发生。此病喜高温、干旱环境。浙江及长江中下游地区主要发病盛期为5~9月。番茄的感病生育期是座果后1个月。偏施氮肥、土壤有机质少、土壤干燥、土壤含盐量高的田块发病重。年度间番茄开花结果期高干旱天气多的年份危害重。脐腐病的发生期是在开花后的12-15天,这一时期果实体积增长相对较快,对钙的需求量较大,容易引起局部缺钙,导致脐腐病的发生。光照弱,生产时间长,土壤含水量高也会引起脐腐病。施肥不当,施用未经腐熟的有机肥、肥料使用过多、距根系太近,引起烧根,使根系吸水受抑制,造成生理缺水,这也是发生脐腐病的重要因素。田间管理不善,耕深不够,松土层过浅,土壤板结,使根系难以下扎伸展,影响水分吸收。前期浇水过多,坐果期干旱缺水,中耕松土不及时等,都会造成水分失调。高温、大风天打叉,伤流过多也容易引起生理缺水导致发病。沙质土壤或黏重土壤易发病。