小麦全蚀病的防控，应以农业措施为基础，充分利用生化防控手段，切实保护无病区安全，科学管控感病区扩展蔓延。根据小麦全蚀病的发病规律和各地防病经验，要控制病害，必须做到保护无病区，封锁零星病区，采用综合防治措施，压低老病区病情。
对怀疑带病种子用51—54℃温水浸种10分钟或用有效成分0.15托布津药液浸种10分钟。病区要严格控制种子外调，新的轻病区及时采取扑灭性措施，消灭发病中心，对地块实行三年以上的禁种。水旱轮作，病菌易失去生活力。粪肥必须高温发酵后施用。要多施基肥，发挥有机肥的防病作用。选用农艺性状好的耐病良种。
