初期症状不明显,持续一段时间后,番茄植株呈枯萎状,茎基部产生褐色至深褐色略凹陷斑,向上下及四周扩展,当扩至绕茎1周时,出现枯萎状,与枯萎病相似,拔出根部未见异常。番茄小双胞腔菌侵入番茄后引起茎叶产生褐斑,影响地上部分营养体生长。在养分供应充足的基础上,生物菌剂分泌的多肽类、酶类可刺激作物植株地上部分营养体生长旺盛,表现在株高、茎粗等方面。西红柿茎基腐病表现为茎基部一侧或一周变成褐色、干枯。发病初期茎基部皮层生有淡褐色及黑褐色斑点,后绕茎基部或根茎扩展,导致皮层腐烂。地上部分叶片变黄,果实膨大后因养分供不应求逐渐萎蔫枯死。后期病部表面常形成黑褐色大小不一的菌核。