选用抗病自交系,培育抗病杂交种是首要防治。加强栽培管理,合理施肥,合理密植,降低土壤湿度等措施可以使植株健壮,减少茎腐病。合理轮作,深翻土地,清除病残和不施用未腐熟的有机肥,可以减少田间菌源,达到一定的防治效果。实行轮作可防止土壤中病原菌大量积累,从而有效预防病害的发生。玉米收获后要彻底清理田间病株残体,并将其集中高温沤肥,减少田间初侵染源。注意合理密植,改善农田小气候,创造良好的生长环境。注意增施钾肥,避免偏施氮肥。建议采用高畦栽培,严禁大水漫灌;雨后要及时排除积水,防止湿气滞留;要及时中耕松土,并避免造成各种机械损伤。田间发现病株后,要及时拔除,并将其携出田外沤肥或集中烧毁。引致茎腐病的病原物都是弱寄生菌,只能侵染生长势较弱的植株。