幼株至成株皆可发病，以花期染病最多，主要危害植株的根和茎基部。病株叶片首先发黄，逐渐向中上发展，导致全株变黄枯萎。根系变为黑褐色或土红色，根瘤和根毛明显减少，轻则植株矮化，重则根系腐烂死亡。此病多由病菌经土壤、病残体及种子传播蔓延，经种子和根系侵入，干旱年份发病较重。
防治方法包括农业措施、消毒处理和药剂防治。农业措施：选用抗病品种如津春3号、津杂3号、津杂4号、中农1101、龙杂黄5号、早丰2号等，采用云南黑籽南瓜作砧木进行嫁接育苗，高畦栽培并覆盖地膜，减少病菌侵染机会，避免大水漫灌，控制土壤和空气湿度，露地栽培时雨季及时排水，发现中心病株及时拔除。消毒处理：种子消毒用25%甲霜灵可湿性粉剂800倍液浸种30分钟后催芽播种，苗床或棚室土壤消毒每平方米用25%甲霜灵可湿性粉剂8克与土拌匀撒在苗床上，保护地栽培定植前用25%甲霜灵可湿性粉剂750倍液喷淋地面。药剂防治：雨季到来前一周开始喷药，每7天1次，连喷3次，可选药剂有64%杀毒矾可湿性粉剂600倍液、25%甲霜灵可湿性粉剂1000倍液、叶霉杀星可湿性粉剂1200～1600倍液、50%甲霜铜可湿性粉剂600倍液等，发病前用70%代森锰锌可湿性粉剂500倍液或1：0.8：200倍波尔多液喷雾保护效果显著。选种因地制宜选用抗病性强的黄瓜品种是防治大棚黄瓜疫病最经济有效的方法。定植前选择晴天盖上棚膜，密闭闷棚7～10天，杀灭土壤中及棚架上的病菌。
