常见虫害有：螨类、线虫、白蚁、谷蛾、恬蝓、红蜘蛛、粉螨、蚤蝇、紫跳虫、菇蚊、菇瘿、跳虫、蛞蝓、甲虫类。常见病虫害有青霉、毛霉、线虫、白蚁等。香菇常见病虫害有白蚁、螨类、霉类等。香菇种植目前需要预防的病害有疫病、黑腐病、黄曲霉病、黑霉病、绿霉病、木霉病、青霉病、蛛网丝枝霉病、畸形菇、褐腐病、枯萎病、猝倒病、细菌性斑点病、曲霉病。香菇病虫害主要有：绿霉病、蛛网丝枝霉病、畸形菇、褐腐病、双线嗜黏蛞蝓、兰氏布伦螨、草菇折翅菌蚊、短角跳虫、平菇厉眼蕈蚊、闽菇迟眼蕈蚊、中华新蕈蚊、食菌瘿蚊、韭菜迟眼蕈蚊、小菌蚊等。