引起番茄畸形果的因素主要有：一是花芽分化时温度偏低；二是光照不足；三是肥水管理不当；四是植物生长调节剂(即激素类药物)使用不当；五是苗龄过长；六是应用了畸形果发生率高的品种。番茄畸形果是指番茄果实膨大后出现桃形、瘤形、歪扭、尖顶、凹顶等。
具体原因包括：⑴番茄在持续低温，氮肥、水分及光照充足的条件下使养分过分集中地运送到正在分化的花芽中，花芽细胞分裂过旺，心皮数增多，开花后心皮发育不平衡而形成多心室畸形果。⑵花期使用生长素浓度过高，而果实发育养分供应不足；或点花(喷花)后花朵尖端残留多余激素水滴，使果实不同部位发育不匀，引起子房畸形发育。⑶水肥管理跟不上，缺硼、钙元素会加剧果实畸形病的发生。⑷春番茄苗期低温阴雨，光照不足或秋番茄苗期遇高温，影响花芽分化，会大大增加第1~2花序的畸形果率。
1、低温。在花芽分化和发育期，若连续5－6天遇到3℃－4℃的低夜温，极易产生畸形果。冬、春茬番茄的第1－2穗果易出现畸形果，多是由低温造成的。2、苗期拉长。若低温或干旱持续时间长，幼苗处在抑制生长条件下，花器官发育期拉长、易木栓化，后转入适宜条件下、木栓化组织不能适应组织的迅速生长，极易形成裂果、疤果。3、施肥不合理。氮肥过多，会使花芽过度分化，心室数目增多，形成多心室畸形果。4、使用激素不当。为防止落花落果，常采用2，4-D或番茄灵蘸花，如果浓度过高、重复蘸花，或蘸花时温度过高、土壤干旱等情况时，容易产生畸形果。对未开放的花进行药剂蘸花，易产生空洞果。另外，秧苗发生徒长时，使用植物生长调节剂浓度大或次数多，使秧苗控住，再蘸花时也易产生畸形果。
