西红柿主要的病虫害有晚疫病、病毒病、菌核病、枯萎病、黑斑病、青枯病、灰霉病、绵腐病、早疫病、叶霉病、溃疡病、斑枯病、茎腐病、叶斑病、根腐病、白粉病、叶枯病、软腐病等；虫害有根结线虫病、棉铃虫、白粉虱、甜菜夜蛾、蚜虫、潜叶蝇、茶黄螨、烟青虫、瓜绢螟、烟粉虱、斜纹夜蛾、地老虎、蛴螬、红蜘蛛等。
种植过程中需预防猝倒病、脐腐病、软腐病等病害，以及苗期的地老虎、蛴螬等虫害。定植前基肥施用充足，蔬菜生长前期可不必再施肥，但膨果期需肥量加大，冲肥时以氮、钾、钙、镁为主，建议20天/次—30天/次，并及时补充锌、硼等微量元素。此期应以大水为主，小水结合，保证水肥充足。浇水遇阴天时，根系吸收能力变弱，需提前喷洒营养型叶面肥，补充叶片所需，提高光合效率，增加营养积累，促进膨果。
防治病虫害的方法包括：1.叶霉病：苯醚甲环唑等；2.病毒病：病毒灵等；3.斑潜蝇：阿维菌素；4.蚜虫：吡虫啉。种植前选择抗病虫害能力强的品种，播种前进行种子消毒处理，做好水肥管理工作。实施轮作嫁接，降低湿度，选择排水良好的无病地块育苗和定植，中耕除草，清除病原。
