化肥的氮磷钾浓度超过12%会影响活菌活性，甚至导致活菌死亡。因此，生物菌肥通常不建议与复合肥混合使用。复合肥属于无机盐类化肥，与菌肥混用会使微生物菌周围的盐浓度过高，造成菌种生理性脱水死亡。然而，在某些情况下，生物菌肥与复合肥混合使用可以明显提高肥效，因为复合肥中的氮磷钾在生物菌的作用下活性更高，更易被农作物吸收。在实际生产中，菌肥和复合肥的混合使用需谨慎，复合肥用量不能太大，且混用后需及时施用。建议在使用时，先施用化肥，间隔2小时后再施用微生物肥料，以减少化肥对微生物的影响。有机与无机的配合使用，既能实现速效与长效的完美搭配，又能平衡养分、促进根系合理吸收。
