影响根瘤形成及固氮功能的因素包括大豆品种、矿质元素、水分含量、氮、光照、PH值和温度等。土壤施氮肥过多会抑制根瘤形成及固氮,而施磷肥可增加固氮量。缺钼、铁、钴等微量元素也会影响固氮。土壤水分过多或过少均不利于根瘤固氮。适宜的氧气和充足的光照有利于固氮。中性及微碱性土壤,PH值在6.8~8.8范围内利于根瘤菌的生长及固氮。种植大豆多年的地块仍需施用根瘤菌肥,因为田间土壤中虽然存在相当数量的根瘤菌,但多数是低效或无效根瘤菌株。大豆根瘤菌是一种活的微生物制剂,根瘤内的根瘤菌与豆科植物互利共生:豆科植物通过光合作用制造的有机物供给根瘤菌,根瘤菌通过生物固氮制造的氨供给豆科植物。