番茄晚疫病菌主要在保护地栽培的番茄及马铃薯块茎中越冬，有时可在病残体上越冬。病菌借气流或雨水传播，从气孔或表皮直接侵入，形成中心病株，进行多次重复侵染，引起病害流行。田间水肥管理不当，如偏施氮肥导致植株贪青旺长，或连阴雨天气排水不良，尤其是低洼地块，会加重病害发生。
病菌以菌丝体在土壤或马铃薯薯块上潜伏，春播时传播给番茄。孢子囊通过气流或雨水传播到植株，在水中萌发产生游动孢子，进而形成菌丝侵入植物组织。中心病株产生大量繁殖体，经风雨扩展，导致普遍发病。病菌致病力强，具生理分化现象，能在土壤中形成薄壁圆孢和厚垣孢子。
带菌种薯是主要侵染源，病薯播种后菌丝随薯块发芽活动，向幼芽蔓延形成病苗。早期受害病芽未出土即死亡，较晚受害幼苗病菌沿皮层发展形成条纹状病斑，遇适宜条件产生孢子囊，借风雨传播侵入叶片，形成中心病株。中心病株孢子囊随气流传播再侵染，茎上孢子囊借雨水或灌溉水进入土中，接触块茎后萌发侵入，成为来年初次侵染源。地面下5cm以内发病重，超过5cm发病轻。
病菌通过气孔或表皮侵入叶片，块茎则通过伤口、皮孔、芽眼侵入，潜育期叶片为2-7天，块茎约一个月。菌丝体或厚垣孢子在病残体中存活，为翌年提供初侵染源。病菌借助气流和雨水传播，经3-4天潜育期，病部长出菌丝，产生孢子囊，释放游动孢子，构成再侵染菌源。
