枯萎病病菌在土壤中的适应性强,一般可存活8至10年,当遭遇干旱、高温等不利与病菌生长发育的环境时,还能产生厚垣孢子等休眠体以抵抗恶劣环境。枯萎病一旦发生,如不及时采取防治措施,往往“头年一点头,二年一条线,三年一大片”,从零星发病,很快病情会发到整个棉田。棉花枯萎病是危害植株维束管的一种病害;病菌潜伏在土壤中病株残体中存活;适宜的环境条件下,病菌孢子萌发菌丝体,菌丝通过棉花根毛或伤口侵入,在细胞间隙中生长,并向木质部的导管扩展蔓延,在导管内迅速繁育,产生大量分生孢子,这些分生小孢子随着输导系统向上蔓延,扩散到棉株各个部位。棉花枯萎病的发生与温度、湿度有着密切的关系,当地温在20℃左右开始出现症状,地温上升到25~28℃出现发病高峰,地温高于33℃时病菌的生长发育受抑或出现暂时隐症。夏季大雨或暴雨或大水漫灌后,地温下降易发病。地势低洼、土壤粘重、偏碱、排水不良或偏施、过施氮肥或施用了未充分腐熟带菌的有机肥或根结线虫多的棉田发病重。