根腐病发病初期可选择10%双效灵水剂200倍液、70%代森锰锌800倍液、70%甲基托布津1000倍液、80％多·福·福锌可湿性粉剂500倍液、54.5％恶霉·福可湿性粉剂700倍液进行喷雾和灌根，视病情间隔7—10天左右1次，连续2-3次。西瓜根腐病防治措施。从大面积防治效果看，发病初期，用甲基托布津50%可湿性粉剂600倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，或40%多硫悬浮剂600倍液，或77%可杀得可湿性粉剂500倍液，或14%络氨酮水剂300倍液喷雾，均有良好的防治效果。发病严重时，用50%扑海因可湿性粉剂1000倍液加70%代森锰锌可湿性粉剂1000倍液灌根，效果很好。
选用菠萝种、冠星2号耐寒和耐雨水的节瓜品种。有条件的与十字花科、百合科作物实行3年以上轮作。采用高畦栽培，认真平整土地，防止大水漫灌及雨后田间积水，苗期发病要及时松土，增强土壤透气性。施用酵紊菌沤制的堆肥或充分腐熟的有机肥。使土壤有机质含量高于2%，适量施用化肥，防止土壤酸化，施用SH土壤添加物，如动物粪便、糠麸、锯末、骨粉、饼肥、蔗渣、菇类堆肥、泥炭等可防止根腐病的发生。科学管理水分，防止水分过多，过量，避免高湿条件出现，可减少发病。用40%拌种双粉剂每平方米8克处理土壤。发病初期喷洒或浇灌50%甲基硫菌灵(甲基托布津)可湿性粉剂500倍液或50%多菌灵可湿性粉剂500倍液、60%防霉宝超微可湿性粉剂800倍液、50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液，采果前3天停止用药。
选用耐湿品种，郑杂7号、早佳、京欣1号、皖杂1号等。施用腐熟有机肥，避免偏施氮肥，或采用配方施肥，以减少或减轻发病。播种不要过早。合理轮作，与十字花科、豆科3年以上轮作。采用高畦栽培，铺地膜，防止大水漫灌，雨后即时排水，苗期发病及时松土，提高地温，增强土壤通透能力，促进根部发育。
