玉米和大豆是最为理想的轮作“伙伴”，合理轮作、互相换茬可以互促增产。根瘤菌能与豆科植物共生形成根瘤，并将空气中的氮还原成氨供植物营养，研究表明根瘤菌接种剂能大量减少化肥的使用量，改善农产品品质，使农产品达到AA级绿色食品要求；有效提高农作物的产量；无任何不良副作用，不构成重金属污染；施用成本只有化肥的十分之一，根瘤菌剂还具有培肥地力，一块地中轮流种植玉米和大豆可以减少肥料的使用而不减产。
保持、恢复及提高土壤肥力。禾谷类作物需要消耗土壤中大量氮素，而绿肥等豆类作物能固定空气中的游离氮素；十字花科作物则能分泌有机酸。如将这些作物轮作可以保持、恢复和提高土壤肥力。不同作物对土壤中的营养元素和水分吸收能力不同，如水稻、小麦等谷类作物吸收氮、磷多，吸收钙少；豆类作物吸收磷、钙较多。这样不同的作物轮作能均衡利用各种养分，充分发挥土壤的增产潜力。根深作物与根浅作物轮作可利用不同层次土壤的养分和水分。
轮作可以改变病菌寄生主体，抑制病菌生长从而减轻危害。实行轮作，特别是水旱轮作可以改变杂草生态环境，起到抑制或消灭杂草滋生的作用。根据作物生理及生态特性，在轮作中合理搭配前后作物，茬口衔接紧密，既有利于充分利用土地和光、热、水等自然资源，又有利于合理均衡地使用农具、肥料、农药、水资源及资金等社会资源，还能错开农时季节。禾谷类作物对氮和硅的吸收量较多，而对钙的吸收量较少；豆科作物吸收大量的钙，而吸收硅的数量极少。因此两类作物轮换种植，可保证土壤养分的均衡利用，避免其片面消耗。
