小麦秆黑粉病的发生与小麦发芽期土温密切相关，适宜侵染的土温范围为9～26℃，其中20℃左右最为适宜。发病率和发病程度受土壤含水量影响，干燥地块比潮湿地块发病更严重。西北地区10月份播种的小麦发病率较高，且不同品种间抗病性差异显著。
发病原因主要包括气候因素和田间菌源。气候方面，幼苗期土温20℃左右时侵染范围较大。田间菌源方面，近年来秸秆还田技术的推广虽有助于培肥地力，但也增加了病残体在田间的积累。病菌以厚垣孢子越夏，成为侵染幼苗的主要来源，为秆黑粉病的高发提供了条件。此外，病株残体用于沤肥或饲养牲畜时，病菌孢子混入粪肥，施入麦田后成为另一重要菌源。
