辣椒灰霉病危害辣椒的整个生育期，主要危害叶片、茎秆、花、果实。苗期发病，初子叶顶端褪绿变黄，湿度大时呈水浸状软腐；后扩展至幼茎，幼茎变细缢缩呈棕褐色，使幼苗病茎折断或萎蔫枯死。
成株期发病，初始叶外沿褪绿形成水浸状浅褐色病斑，扩展后呈圆形或椭圆形、褐色并带有浅褐色轮纹的大型病斑，湿度大时病斑上密布灰色霉层，发病末期可使整叶腐烂而死；茎秆和叶柄染病，初生水浸状不规则病斑，病部产生灰白色霉状物，病枝向下蔓延至分杈处；花器染病，花瓣呈褐色，水浸状，上密生灰色霉层；果实染病，幼果果蒂周围局部先产生水浸状褐色病斑，逐渐扩大后呈暗褐色，凹陷腐烂，表面产生不规则轮状灰色霉层。
成株期为害叶、花、果实。叶片受害多从叶尖开始，初成淡黄褐色病斑，逐渐向上扩展成“V”形病斑。茎部发病产生水渍状病斑，病部以上枯死。成株的茎部发病，初呈水渍状、不规则形病斑，后变灰白色或褐色，病斑绕茎一周，其上部枝叶萎蔫枯死。花器染病，花瓣上产生褐色或黄褐色斑点，病斑可相连。桌实发病多从果蒂处开始，病部果皮呈灰白色水溃状软腐，病斑很快扩展至全果。发病后，在病部均可产生灰白色或灰褐色霉层，病果内或果皮表面可形成黑色粒状菌核。
