南瓜蔓枯病为害叶片、茎蔓和果实。叶片染病,病斑初褐色,圆形或近圆形,大小10~20毫米,其上微具轮纹。蔓染病,病斑椭圆形至长梭形,灰褐色,边缘褐色,有时溢出琥珀色的树脂状胶质物,严重时形成蔓枯,导致果实不长。茎蔓染病,主要在茎基和茎节等部位,初始产生油浸状小病斑,逐渐扩大后往往围绕茎蔓半周至一周,纵向可长达十几厘米,病部密生小黑点,后期病斑变成黄褐色。果实染病,轻则形成近圆形灰白色斑,大小5~10毫米,具褐色边缘,发病重的开始时形成不规则褪绿或黄色圆斑,后变灰色至褐色或黑色,最后病菌进入果皮引起干腐,一些腐生菌乘机侵入引致湿腐,为害整个果实。