1、防止还病种谷病菌传入无病地区，对可疑的种子，应取样将种子浸水，使吸涨后观察有无变色，或颖壳是否破裂散出黑粉。如所留稻种不能保证无病，可对种子进行处理再播种，可用50％多菌灵800倍液，或强氯精300～500倍液浸种12小时，也可用70％甲基硫菌灵500倍液，或1％石灰水浸种24小时。
2、水稻实行水旱轮作，并多施有机肥和磷、钾肥。施肥要早，适时晒田，后期干湿交替，控制田间湿度。水稻采用药剂防治的重点是在穗期喷药控制，或在始花期、盛花期和灌浆期各用药剂防治1次。每亩用多菌灵150g、粉锈宁200g，分别在始穗前5~7天、抽穗5%~10%、齐穗期、授粉期5天左右，各施药一次。
3、实行轮作，发生过稻粒黑粉病的制种田要实行轮作、换茬，可换抗病性好的组合；水稻收割后，在冬季采取深耕晒田，以减少土壤中的病菌数。合理选种并做好种子处理，尽量避免在病田留种，若是少量病粒的田块留的种子，播种前要注意用盐水选种，用多菌灵等药剂拌种，防止种子带菌。
4、适期播种，控制秧龄的大小、种植密度、水分管理等措施使得父、母本抽穗集中、花期能相遇，尽可能错开阴雨天气较多的季节抽穗扬花、灌浆，以此减轻被病害侵染的机会。科学水肥，注意不要偏施或迟施氮肥，采取配方、平衡施肥，避免水稻徒长、贪青；适时晒田，避免长期灌水，灌浆期采取干湿交替灌溉，以此降低田间湿度。
5、制种时要正确使用赤霉素(920)，应根据制种组合适时适量喷施，缓解包颈，有利于授粉结实，减少病害的发生。
