茼蒿主要病害有猝倒病、叶枯病、霜霉病、炭疽病、病毒病、立枯病、菌核病、细菌性萎蔫病等；主要害虫有蚜虫和潜叶蝇。在发病初期，可喷施40%多硫悬浮剂500倍液、70%甲基托布津可湿性粉剂500倍液或50%扑海因可湿性粉剂1500倍液，每隔5～7天一次，连续喷2～3次。防治方法包括降低密度和湿度，防大水漫灌田间积水，通风透光，采用化学药剂防治。农业与药剂防治措施包括：①采用深沟高畦栽培；②改撒播为条播或穴播，或实行壮苗移植；③实行轮作，加强田间管理；④药剂防治，幼苗期可用1∶1∶200波尔多液喷施1次，发病初期喷洒50%苯菌灵可湿性粉剂500倍液、50%扑海因可湿性粉剂1500倍液，隔7～10天一次，连续防治2～3次。虫害可选用艾美乐等药剂防治。防治立枯病应加强农业综合防治措施，注意适期播种、防止播种过密、幼苗徒长；药剂防治可采用百菌清可湿性粉剂。叶斑病防治应实行轮作，加强田间管理。