发病严重地进行深翻，菌核深埋土中，子囊盘不能出土，减少病菌初侵染来源。合理施肥，提高植株抗病力。喷洒杀菌剂：50%托布津可湿性粉剂500倍液；70%甲基托布津可湿性粉剂1000-2000倍液；50%速克灵可湿性粉剂2000倍液；40%菌核净可湿性粉剂1000-1500倍液；30%菌核利可湿性粉剂1000倍液。每隔10天喷药一次，共2-3次。花椰菜菌核病防治重在预防，结合生态调控、物理防治、生物防治等措施，达到防治指标时，科学施用高效低毒低残留农药控制。清除混杂在种子中间的菌核，避免将菌核播入田中。简便的方法是播前用10%的盐水选种，除去飘浮在上面的菌核，然后用清水多次冲洗种子，晾干后播种。重病地应与非寄主作物进行3年以上轮作。有条件最好水旱轮作，1年就可收到极好效果。播前进行20厘米以上深翻土壤，把菌核埋入土壤深层。