病原菌在病残体内以菌丝体、厚垣孢子或拟核菌在土壤中越冬,一般可存活6-8年,带菌土壤是病害侵染的主要来源。环境条件适宜时,病菌通过病母株、土壤、水源及农具等传播,从植株根部伤口或直接从幼根表皮和根毛侵入,在维管束内繁殖并扩散至植株叶及根系,引起系统性发病,最终导致植株干枯死亡。病菌喜温暖潮湿环境,最适发病条件为25℃-28℃,相对湿度60%-85%。番茄黄萎病的发病盛期在育苗中后期、假植期和定植初期。此病为顽固性土传病害,土通透性差、过干过湿、多年连作、氮肥过多或线虫为害的地块易导致病情严重。病菌可随耕作栽培活动及调种传播蔓延。