水稻穗茎瘟防治应在孕穗期开始，破口前至齐穗期用三环唑或富士1号，每10天进行一次防治，交替使用可提高效果。防治水稻颈瘟以孕穗末期施第一次药，齐穗期用第二次药。常用药剂有：20%三环唑、30%克瘟散、40%富士一号。75%三环唑可湿性粉剂每亩25-30g；或2%春雷霉素水剂每亩90g；或稻瘟灵乳油150毫升/亩。施药方法和时间为：喷洒，水稻破口至始穗期第1次用药，如雨水较多齐穗期第2次用药。水稻穗瘟重在预防，一旦发生很难防治，可用稻瘟酰胺、稻瘟灵、咪鲜胺，富士一号+有机磕+磷酸二氢钾喷雾防治，间隔5-7天再喷一次。水稻穗颈瘟是水稻上常发性、气流性主要病害，气候条件适宜时易发生，防治关键在扬花灌浆期。