病原为立枯丝核菌，属半知菌亚门真菌，有性态为瓜亡革菌，属担子菌亚门真菌。该菌可分做十多个菌丝融合群，其中AG2-2引起根腐病，其担孢子还可引起叶枯病。该菌群是一种不产孢的丝状真菌，菌丝形态与一些子囊菌、担子菌非常接近，具有菌丝融合现象。菌丝在融合前常相互诱引，形成完全融合、不完全融合及接触融合三种状态。病原发育适宜温度为24℃，最高40～42℃，最低13～15℃。
芹菜立枯病是一种常见的由真菌引发的植物病害，主要危害芹菜、西洋芹等。发病初期幼苗白天萎蔫，夜间恢复。严重时病斑扩展到茎基部，造成茎收缩，地上部分枯死，但不倒伏。在温室或塑料棚室育苗期间，病苗根部或根颈部变为红褐色，严重时大量死苗，症状与枯萎病近似，不易区分。该病害主要由立枯丝核菌引起，部分棚室死苗也可能由镰刀菌引发。
