有机肥所含营养成分丰富、全面，是化肥无法比拟的。它能改良土壤，促进微生物活动，加速土壤生物小循环，利于果树生长发育。有机肥分解过程中产生的有机酸，能将难溶性养分转化为可溶性养分，提高土壤养分利用率。有机肥不仅含有苹果生长所需的大量营养元素如氮、磷、钾、钙、镁、硫，还包含微量元素如锌、铁、硼、锰等，对协调养分供应有重要作用。其养分供应缓慢且均衡，不易出现肥害或脱肥现象，能有效改善土壤理化性质和生物特性，增强土壤保肥供肥能力，促进根系发展，提高植物吸收能力，增强抗旱性和免疫力，降低发病率，增加有益菌数量，减少土壤病害及线虫危害，同时提高产量和品质。
施有机肥能提高果园土壤有机质含量，调节酸碱度，改善水肥气热环境，增加透气性，利于根系生长。有机肥含有丰富的氮、磷、钾、钙、铁、锌、硒、硅、镁、硼、硫等，满足果树生长需求。多施有机肥的果园毛细根多，小枝也多，根系发达，有利于成花。通过切断粗根促进新毛细根形成，缩短根系运输线，增强果树活力。虽然有机肥肥效较慢，但能提高土壤有机质含量，改善苹果的红度、亮度、香度及适口性。实践证明，施有机肥的果园更耐旱，不易出现缺素症，水裂纹果少，商品果品质高。
