目前还没有明确的病因,但主流观点认为是真菌或霉菌感染了植株根茎部位,导致水分无法运输到茎叶,造成茎叶失水枯萎。西瓜苗期易发生此病,病菌在15℃左右的环境中繁殖较快,30℃以上繁殖受到抑制。土壤温度10℃左右不利于瓜苗生长,但此菌仍能活动,故易发病。一般在3月下旬至4月上旬,连日阴雨并伴随寒流时发病较多。病菌生长适温为17-28℃,12℃以下或30℃以上病菌生长受到抑制,因此苗床温度较高、幼苗徒长时发病较重。土壤湿度偏高、土质粘重以及排水不良的低洼地也易发病。光照不足导致光合作用差,植株抗病能力弱,同样易发病。西瓜立枯病主要侵害植株根尖及根,初发病时在苗茎基部出现椭圆形褐色病斑,叶片白天萎蔫,晚上恢复,随后病斑逐渐凹陷,发展到绕茎一周时病部缢缩干枯,但病株不易倒伏,呈立枯状。