黑穗病主要由种子传播,病菌以厚垣孢子在种子上越冬。在谷子播种后与种子同时萌发侵入幼苗,并随植株生长蔓延全株,最后侵入穗部产生孢子,形成黑穗。该病属芽期侵染的系统性病害。冬孢子附着在种子表面越冬,成为翌年初侵染源。粟粒黑穗病是苗期侵入的系统性病害。病原菌的厚垣孢子不能在土壤中越冬,主要是脱粒时病穗和健穗混合在一起,使健全籽粒的表面附着大量厚垣孢子,成为第二年的侵染来源。通过种子带菌传播,萌芽的冬孢子从谷子幼苗的胚芽鞘部位侵入幼苗,并随着生长点向上生长,进而到达分化的花序里,最后侵入幼嫩的子房里,破坏子房,形成大量的冬孢子,使谷穗变为黑穗,完成侵染发病过程。粟粒黑穗病是由粟黑粉菌引起的、发生在粟的病害。该病为从幼苗侵入的系统侵染性病害,主要危害穗部,抽穗后表现出症状。当种子萌发时,附着其上的厚垣孢子也萌发生出原菌丝侵人幼芽。在寄主体内,原菌丝迅速地生长和分枝,侵人生长锥内。而在抗病品种上,侵入的菌丝不产生分枝,很少有菌丝能侵人生长点的分生组织。