羊肚菌广泛分布于低海拔平原至3200米高海拔地区，多生长在阔叶林或针阔混交林的腐殖质层上。不同种类对土壤条件要求各异，常见于富含腐殖质的沙壤土、褐土或棕壤中，火烧后的林地也易大量发生。羊肚菌在低温、高湿条件下易萌发子实体，野生羊肚菌的生长季节通常在每年3-5月或8-9月。其野外发生条件主要取决于上年度11月的降水量，而当年发生早晚则与春季5厘米表层土壤温度是否稳定通过11.5℃有关。因此，羊肚菌的发生期受年度气候条件影响，与气温、降雨量及降雨时间密切相关，多发生于土壤湿润、降雨量多、保湿良好或地下水位较高的环境中。光线对子实体形成有促进作用，子实体具有趋光性。充足的氧气和良好的通风是羊肚菌正常生长发育的必要条件。适宜的生长环境包括温湿度适中、微弱散射光、土壤pH值6.5-7.5、氧气充足，生长温度以21-24℃为宜，且需避免强烈直射光。