主要以卵孢子的形式存活于土壤中的作物残体内，春季卵孢子萌发形成孢子囊。漫灌和大雨后孢子囊释放出孢囊孢子，孢囊孢子在土壤水中移动，被寄主根围吸附后萌发，直接侵入根部。游动孢子游动缓慢，从运动到形成休眠孢子可持续数天，休眠孢子萌发直接产生芽管，接触固体表面时芽管肿大形成附着孢，随后长出菌丝。休眠孢子有时萌发再形成游动孢子，留下休眠孢子膜，少数孢囊在顶端形成芽管。幼苗期毛根被破坏，可能导致植株死亡，较老的植株受害较慢，病菌从根尖扩展到茎和低枝条。
病害传播途径包括种薯种苗、土壤肥料和人畜携带。带病种薯育苗在苗床上产生病苗，病苗侵染健苗，移栽后污染土壤。病土育苗、垫圈可造成苗床和肥料带菌传病。土壤带菌主要来自病残体和带菌肥料。甘薯收获、贮藏时，病菌通过人畜、昆虫、田鼠和农具等媒介传播，主要从薯块的伤口、裂口、根眼侵入。黑斑病主要侵染来源是带病种薯、种苗，以及带菌土壤和肥料，其中种薯传病最为重要。育苗和运送种苗是病害传播的主要环节。带病种薯在苗床内腐烂并污染苗床，病苗移栽后传至大田，甘薯收获后病薯遗留田间，增加病田菌源数量。带病种薯或已侵染未表现症状的薯块随健薯混入储藏窖内，条件适宜时病菌经伤口或芽眼侵入薯块，窖藏种薯密集情况下病菌孢子借水滴、老鼠、昆虫等媒介传播，病害在窖中蔓延。土壤和肥料中混有病株残余也可传染，灌溉水、农具、人畜活动助长病菌传播。
黑斑病主要靠带病种薯传病，其次为病苗，带病土壤、肥料也能传病。用病薯育苗长出病苗，病菌可直接侵入苗根基，在薯块上主要从伤口侵入，也可通过根眼、皮孔、自然裂口、地下虫咬伤口等侵入。收获、贮藏过程中操作粗放造成大量伤口，为病菌入侵创造有利条件。甘薯长喙壳菌又称甘薯黑斑病、甘薯黑疤病，属于长喙壳科，病薯病苗是传播的主要途径，带菌土壤、肥料、流水、农具及鼠类、昆虫等都可传病。
