辣椒畸形的原因包括花芽分化不良、氮肥过多、阴雨寡照、夜温过高、植株受伤、根系受损、钾肥不足、缺乏微量元素、营养生长和生殖生长失调等。建议科学配方施肥，拉大昼夜温差，增加光照，增施磷钾肥，初花期喷碧护或云苔素加硼肥，促进花芽分化，减少畸形果的形成。
1.受精不完全：辣椒花粉生育的适温为20-30摄氏度，高于或低于这一温度对花粉生育不利，花粉发芽率降低，容易产生畸形果。温度低于13摄氏度时，容易出现单性结实的僵果。当雌蕊比雄蕊短的短花柱花时，授粉困难，容易落花或形成单性结实的变形果。
2.光照不足：养分供应不足或不均匀，也会产生畸形果。
3.根系受伤或吸收机能降低：容易出现先端发尖的尖形果。辣椒果实发育先是纵轴先伸长，然后横向伸长。遇有根系发育不好，地上部和地下部的平衡遭到破坏时，容易出现顶端变尖的变形果实。
