腐霉菌引起的根腐病，主要表现为中胚轴和整个根系逐渐变褐、变软、腐烂，根系生长严重受阻；植株矮小，叶片发黄，幼苗死亡。枸杞的病害有炭疽病、白粉病、根腐病等。虫害有蚜虫、负泥虫、粘虫、红蝇蚊、木虱、螨类等。要根据病虫害发生的具体情况采取相应的防治措施。
枸杞炭疽病也叫黑果病。果实青色的时分患病在果面会呈现小黑点或褐斑，要是遇到了阴雨天病斑会变大，致使全部果实变黑。这种病多发于旱季，旱季发病较轻分散慢。枸杞根腐病患病的株体表现为叶子泛黄、低垂。
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蚜虫，可用敌蚜螨，病害有很多，但发生最普遍、最严重的有软腐病、霜霉病和病毒病。虫害主要是菜青虫、甜菜夜蛾、蚜虫等虫害，可用敌杀死、甲维盐等药剂防治。
枸杞常见病虫害有红蜘蛛、蚜虫等。主要为害花、花蕾、青果以及嫩枝等。青果被感染后出现多数黑点，逐渐扩大为不规则的圆斑，近而使半个或整个果实变黑色。炭疽病，灰斑病，白粉病，瘿螨，蚜虫，负泥虫，蛀果蛾，斑须蝽。