选用抗病品种是最经济有效的防治方法。当前推广的主要抗病品种有:农大60、邢抗2号等。发现病瘤,及早割除,集中深埋或烧毁。收获后,彻底清除田间残株落叶,减少土中越冬菌源。发病重的田块,要尽量避免连作。每百斤种子用25%粉锈宁200克;或用50%多菌灵粉剂0.25公斤。拌种时先用湿毛巾把种子擦湿润,然后拌药。拌后即播种。植株初显病瘤时,应立即彻底拔掉,并集中深埋或者烧毁。实行轮作。应粒选种子。进行种子包衣处理。除防治玉米黑粉病等土传病害外,还可防治地下害虫等。播前晒种3天。适量增施磷、钾肥,不过多施用氮肥。在玉米出苗前地表喷施杀菌剂(除锈剂);用15%粉锈宁拌种,用量为种子量的0.4%;在玉米抽雄前喷50%的多菌灵或50%福美双,防治1~2次,可有效减轻病害。