番茄茎基腐病的病原为半知菌亚门真菌：立枯丝核菌。病菌在土壤中越冬，腐生性强，可以在土中生存2-3年，大水漫灌且遇到地温过高最易发病。茄病镰孢以菌丝体和厚垣孢子随病残体在土壤中越冬，湿度大时病菌从伤口侵入，引起发病。后者以子囊壳或分生孢子器在病部或病落叶上越冬，条件适宜时产生孢子借风雨传播进行初侵染和多次再侵染，致病害不断扩展。雨日多、湿气滞留易发病。
番茄茎基腐病发病主要原因：一是定植前土壤未消毒或消毒不彻底。大棚内土壤连茬种植茄果类致使病菌在土壤中积累，一旦出现发病条件立刻发病。二是越冬大棚番茄定植期过早，苗期地温过高，大水漫灌后，根系透气性降低，病菌侵入植株茎基部而发病。三是植株生长势弱，土传病害的病菌有了可乘之机。四是管理不到位，如植株种植过密，长势弱，棚室内通风不好，湿度大等，容易引起病害的发生。五是多数农民朋友已不再自己育苗，如果购进的种苗带菌，而定植前又没有进行消毒，容易引起病害的发生。
