灭活疫苗是将病原微生物及其代谢产物用物理或化学的方法使其灭活，丧失毒力，但仍保留其免疫原性而制成的疫苗，如百日咳疫苗、流脑疫苗等。灭活疫苗的稳定性好，容易保存，不受循环抗体影响，安全性高，能杀灭任何可能污染的生物因子。但灭活过程中可能损害或改变有效的抗原决定簇，需多次注射并进行加强免疫，免疫效果维持时间短，不产生局部抗体，且只能通过注射方式接种。
减毒活疫苗是将病原微生物在人工条件下使其丧失致病性，但仍保留其繁衍能力和免疫原性而制成的疫苗。活疫苗使用剂量小，免疫产生快，类似自然感染过程，在机体内可复制增殖，免疫作用时间长，1次免疫可产生持久的免疫效果，且免疫效果牢固，可形成局部和全身免疫。除注射接种外，还可采取自然感染的途径进行免疫。但活疫苗不稳定，不易于保存和运输，易受光和热影响，疫苗中可能污染不利的因子，受循环抗体、病毒等因素影响，可能导致免疫失败，且在体内存在毒力返祖的潜在危险，免疫缺陷患者或正在接受免疫抑制治疗病人可能引起严重或致命的反应。