拌种可选用腐殖酸、生物肥以及微肥，将肥料溶解后喷洒在玉米种子上，边喷边拌使肥料溶液均匀沾在种子表面，阴干后播种。浸种则是将肥料溶解配成一定浓度，把种子放入溶液中浸泡12小时，阴干后随即播种。条施或穴施化肥时，用量为2至5千克，肥料需与种子隔开，深施肥深度以10至15厘米为宜，尿素、碳酸氢铵、氯化铵、氯化钾不宜做种肥。
选好施肥品种很重要，氯化钾、氯化铵等化肥含有氯离子，施入土壤后会产生水溶性氯化物，对种子发芽和幼苗生长不利，甚至烧种烧苗；硝酸铵、硝酸钾等肥料含有硝酸根离子，对种子发芽有毒害作用；碳酸氢铵有挥发性和腐蚀性，易熏伤种子和幼苗；尿素生成少量的缩二脲，含量若超过2%对种子和幼苗就会产生毒害。这些都不适宜做种肥，可施用氮、磷、钾复合肥或缓控释肥。
控制施肥量也很关键，玉米苗期需肥量较少，为减少浪费，种肥施用量不宜过大，一般每亩用量10公斤左右，特别是趁墒播种时，更要严格控制种肥施用量。施用种肥时，为避免种子和肥料直接接触导致烧芽、烧苗，机械播种时要将种子与肥料隔离7～10厘米；人工播种时，要变种下施肥为侧深施或种间穴深施。
