小麦散黑穗病是由花器侵人的系统性侵染病，一年只侵染一次。带菌种子是传病的唯一途径。当带菌小麦种子萌发时，潜伏的菌丝也开始萌发，随小麦生长发育经生长点向上发展，侵人穗原基。小麦孕穗时，菌丝体迅速发展，破坏花器，使麦穗变为黑粉。小麦扬花期遇阴雨天气发病重。
小麦三种黑穗病均为真菌性病害，病原物分别为腥黑粉菌、散黑粉菌、条黑粉菌。小麦腥黑穗和秆黑粉病菌以厚垣孢子在种子表面及土壤、粪肥中越冬越夏；小麦散黑穗病以菌丝潜伏于小麦种胚中越冬、越夏。三种黑穗病菌侵染方式也有所不同，小麦腥黑穗病和秆黑粉病菌都是从土中种子萌发后的幼芽芽鞘处侵入并进入生长点，随植株的生长而在寄主体内系统扩展，后期在穗部(腥黑穗病)和茎、叶、叶鞘等处(秆黑粉病)表现症状。小麦散黑穗病属于花器侵染，在小麦扬花时，病穗中破散出的厚垣孢子借风雨、气流传到花器上并侵入其中，以后菌丝体就潜伏在成熟的小麦子粒胚中休眠。此带菌种子外观与无病种子基本无区别。小麦播种后，病菌随种子的萌发而萌动，并在植株中系统扩展，穗期表现症状。
如种子和土壤、粪肥带菌量多则发病重。对于从土中幼苗侵入的腥黑穗病和秆黑粉病，如土温偏低(15摄氏度左右)、湿度适宜时，不利于出苗而利于病菌侵入，则发病重。而小麦散黑穗病因属花器侵染，所以如果大气湿度高、露水大则有利于孢子萌发侵入，发病就重。
小麦黑穗病菌的厚垣孢子能在水中萌发，有机肥浸出液对其萌发有刺激作用。萌发适温16—20℃。病菌侵入麦苗温度5—20℃，最适9—12℃。湿润土壤(土壤持水量40%以下)有利于孢子萌发和侵染。一般播种较深，不利于麦苗出土，增加病菌侵染机会，病害加重发生。
