菜花黑腐病可用叶枯唑或中生菌素防治，5～7天喷施一次，严重时可用甲基硫菌灵加中生四霉素或吡唑醚菌酯加噻唑锌5天喷施两次，交替使用可有效防治发生。田间出现黑腐病中心病株后，应及时防治，防治药剂可用50%代森铵500倍液，农用链霉素、硫酸链霉素、新植霉素等，具有明显的防效，另外50%甲基托布津和50%多菌灵可湿性粉剂防效也很好。发病初期及时用药防治，可用200×10-6农用链霉素溶液，或100×10-6新植霉素溶液，或60%百菌通可湿性粉剂600倍液，或1∶1∶200至1∶1∶240倍波尔多液，或77%可杀得可湿性粉剂500倍液。以上药剂，交替使用可收到良好的防效。